Santorini ha un clima Mediterraneo temperato con estati fresche e inverni miti. Durante i mesi estivi, il clima a Santorini è caldo e secco. Da gennaio a marzo, le temperature a Santorini variano tra i 12 e i 13 gradi C. In aprile e maggio, la temperatura si alza e raggiunge 17 e 19 gradi C, rispettivamente.
Da giugno fino a settembre, il clima a Santorini è molto caldo e le temperature variano tra 20 e 30 gradi C mentre la temperatura cala dopo il tramonto. Il clima rimane relativamente caldo in ottobre, ma nei mesi di novembre e dicembre, la temperatura comincia a scendere e non supera i 13-14 gradi C. Gennaio e febbraio sono quei mesi con le maggiori precipitazioni.
Il vento prevalente a Santorini è lo Scirocco in primavera ed il Maltemi in estate, soprattutto in agosto.